Перші згадки про Краснопіль (тепер Нижанковичі) походять з 1377–1378 рр. 1408 р. (за іншими джерелами 1448) місто отримує Магдебурзьке право, а 1431 р. Владислав II Ягайло надає йому польське право. 1448 р. з’являється місцева римо-католицька парафія. У 1461 р. зведено римо-католицький костел. Приблизно 1498 і 1502 р., а також 1524 Нижанковичі зазнають татарських нападів. У 1601 р. місто пограбував перемишльський староста Томаш Дрогойовський, а в 1607 – Ян Щасний Гербурт. З 1602  р. з’являються перші згадки про євреїв, які оселяються в місті. Потім Нижанковичі знову зазнають татарських нападів – у 1620, 1621, 1624 і 1626 рр., через що місто кілька разів горіло. У 1647 р. отримує право володіти складом вин. 1657 р. місто сплюндрував Ракоці Юрій II.

У другій половині XVIII ст. в Нижанковичах з’являється незалежна єврейська ґміна (громада). Від 1772 р. місто входить до складу Королівства Галичини та Володимирії (Лодомерії) в Перемишльському повіті.

У 1880  р. в Нижанковичах мешкає 1646 осіб, а в поблизькому поселенні Вигадів (згодом частина міста) 106 осіб. Серед них: 467 римо-католиків, 642 греко-католиків, 643 євреїв та інших. Того ж року місто знищує велика пожежа. Нижанковичі й околиці були ареною боїв I Світової війни, а також Українсько-польської війни 1918—1919  років. Під час тої війни польські війська, що наступали на Нижанковичі, обійшли місто з південно-західного кінця і вийшли в район поблизького села Підмостичі, через що українське військо було змушене відступити на Добромиль. У боях за Нижанковичі з 11 по 16 грудня 1918 р. загинуло 13 польських вояків (кількість загиблих з українського боку невідома). У місті 1921 р. мешкало 1865 осіб, з них 408 євреїв. Нижанковичі були осередком ґміни Львівського воєводства, але 1934 р. втратили міське право. Після Польської кампанії 1939 р. Нижанковичі опинились у частині Польщі, окупованій СРСР. Від 4 грудня 1939 року перебували у складі УРСР, в Дрогобицькій області. Після нападу Німеччини на СРСР місто перебувало під німецькою окупацією. Від 3 листопада 1941 р. Нижанковичі у складі Перемишльського повіту Краківського дистрикту Генеральної губернії. Після захоплення міста німці створили в ньому гетто для єврейського населення, яке ліквідували в кінці липня й на початку серпня 1942  р. Між 27 липня і 3 серпня 1942 р. німці вивезли нижанківських євреїв до Перемишля і Добромиля. Восени євреї, котрі походили з Нижанкович, були звідти вивезені до табору смерті в Белжцю.

31 липня 1944 р. місто зайняли радянські війська. Після II Світової війни  Нижанковичі знову в складі Української Радянської Соціалістичної Республіки – спочатку в Дрогобицькій області, пізніше у Львівській.

З початку 1960-х років тут існував залізничний пункт перетину кордону для поїздів траси Перемишль — Загуж через СРСР. Після розпаду СРСР з 1991  р. Нижанковичі перебувають у складі України. Планується відкриття автомобільного пункту перетину кордону Мальговичі-Нижанковичі.